Năm 1972 Bệnh xá Nông trường Quốc Doanh Đồng giao thuộc tổng công ty rau quả Việt Nam được thành lập, có nhiệm vụ khám chữa bệnh, chăm sóc sức khỏe cho cán bộ, công nhân Nông trường và nhân dân trong khu vực.

Năm 1980 Bệnh xá được đầu tư, nâng cấp và trở thành Bệnh viện khu vực của Bộ nông nghiệp và phát triển nông thôn.

Đến tháng 11 năm 1996 Bệnh viện được bàn giao về Sở Y tế tỉnh Ninh Bình quản lý và được sáp nhập với Bệnh viện Đa khoa thị xã Tam Điệp thành Trung tâm Y tế Thị xã Tam Điệp.

Đến tháng 7 năm 2012 Bệnh viện Đa khoa thị xã Tam Điệp được tái lập trên cơ sở chia tách Trung tâm Y tế thị xã Tam Điệp thành Bệnh viện Đa khoa và Trung tâm Y tế thị xã Tam Điệp.

Đến tháng 7 năm 2017 Bệnh viện Đa khoa và Trung tâm Y tế thành phố Tam Điệp sáp nhập trở thành Trung tâm Y tế thành phố Tam Điệp (2 chức năng)

Đến tháng 9 năm 2019 Trung tâm Dân số Kế hoạch hoá gia đình sáp nhập vào Trung tâm Y tế thành phố Tam Điệp thành Trung tâm Y tế thành phố Tam Điệp (đa chức năng).